Hace más de 12,000 años el paisaje de la Península era muy parecido al de las actuales praderas africanas, incluso los antiguos pobladores se refugiaban en cavernas, en donde colectaban agua y enterraban a sus muertos. Al final de la glaciación, el nivel del mar se elevó inundando estas cavernas, la vegetación fue cambiando a como la conocemos actualmente y los cenotes fueron la única fuente de agua en la región.
Desde ese momento los humanos tuvieron una relación muy estrecha con los cenotes, tanto que fueron decisivos para el desarrollo de la civilización maya en estas tierras. En su cosmogonía, las cuevas y los cenotes son espacios simbólicos para el desarrollo de rituales de lluvia, de vida, de muerte, de renacimiento y de fertilidad. Culturalmente representan entradas al mundo de los muertos, llamado Xibalbá; ambientalmente son el sustento de la vida al ser las únicas fuentes de agua dulce de la región. De ahí la importancia de conservar estos mundos que esconden una infinidad de secretos.

Quintana Roo comparte las características físicas de la Península de Yucatán que hacen que el terreno sea muy peculiar, los geólogos lo denominan karst; está constituido por rocas calizas que se disuelven con relativa facilidad bajo la acción del agua de lluvia.
La plataforma sedimentaria sobre la que se ubica la Península es conocida geológicamente como “Bloque Maya”, un fondo marino de aguas poco profundas, formado por depósitos calcáreos, principalmente de los esqueletos de los corales.
Este fondo quedó expuesto a la superficie por los cambios climáticos ocurridos durante miles de años y la lluvia, junto con los ácidos orgánicos, al filtrarse conformaron las extensas cuevas sumergidas y los miles de cenotes.

La lenta disolución del karst durante miles de años ha convertido el subsuelo peninsular en un macizo lleno de grutas, cuevas y cavernas, a las que en maya se les conoce de manera general como aktún, de ak, hueco o vacío, y tun piedra.
Esta disolución y la infiltración del agua de lluvia han determinado las características hidrológicas de la Península y las propiedades físicas del agua de la región.
Al karst se debe que la Península de Yucatán, sea una región sin ríos a la vista, sin embargo, las acumulaciones subterráneas de agua han conformado una gran red de ríos que corren hacia el este, norte y sur de la Península y llevan al mar el agua de las lluvias que se infiltra en el subsuelo.

Al infiltrarse el agua de las lluvias a través de las hendiduras del suelo de rocas calizas, éstas se van desgastando poco a poco, y a lo largo de miles de años, este desgaste hace que se formen grandes cavernas o depósitos de agua en el subsuelo.
Finalmente, el techo de la caverna se colapsa por la filtración del agua, dejando expuesto el depósito de agua o cenote.
Por su forma, de acuerdo a la etapa del proceso de apertura que comunica el acuífero subterráneo con la selva y la luz solar en la superficie, se clasifican en:
Forma de cántaro, De paredes verticales, Forma de aguada, Forma de caverna

Aunque para las poblaciones mayas los cenotes siguen siendo lugares de veneración, en la actualidad, su valor se ha asociado al turismo. La hoy llamada Riviera Maya de Quintana Roo, con sus playas de arenas blancas, sus barreras arrecifales y sus innumerables y misteriosos cenotes, representa una de las zonas con mayor crecimiento en el país.
Sin lugar a dudas, el turismo aporta beneficios económicos a la región, pero también implica un riesgo de destrucción del patrimonio natural y cultural de los cenotes y las aguas subterráneas.
Los sistemas de aguas subterráneas son sumamente frágiles y su uso indiscriminado y poco responsable no sólo contamina y deteriora ese ecosistema, sino el agua de la cual dependemos.
El conocimiento y valoración de esta riqueza es importante para conservar este patrimonio natural único en México.

A lo largo de la historia de Quintana Roo, los cenotes han jugado un papel muy importante al ser la única fuente de agua dulce de la región.
Desde épocas prehistóricas en que las cavernas fueron refugio de los antiguos pobladores y, posteriormente para los mayas del periodo clásico, así como para los mayas contemporáneos, los cenotes no solo fueron vistos como una fuente de vida, sino también como entradas al mundo subterráneo donde los dioses del agua, los chaako’ob residian.
Los cenotes y las cuevas jugaron un importante rol en la cosmogonía maya. Eran entradas al Xibalá, la morada de los muertos, pero también eran lugares fértiles dónde se originaba la vida. Son caminos simbólicos entre el mundo terrestre y el inframundo

Los cenotes son el hogar de Chaac, el dios de la Muvia, el agua pura colectada en estos ríos subterráneos se usaba en rituales para asegurar la venida de las lluvias.
Ceremonias y en algunos casos incluso sacrificios humanos se conducían en el contexto de los cenotes. Existe incluso sorprendente evidencia de la presencia de visitantes en lo que alguna vez fueron cuevas secas y estos descubrimientos aportaron un entendimiento sin precedente de este periodo de la historia.
Cada fragmento de hueso humano o pieza de cerámica que algún afortunado buzo encuentra es parte de la historia cultural del cenote. La ley mexicana prohibe estrictamente el remover o incluso el alterar el material arqueológico. Es importante recalcar el hecho de que el valor del artefacto trasciende al objeto en si.

Los primeros esfuerzos serios en la exploración de cuevas en Quintana Roo comenzaron en principios de los 80s. Desde entonces se han explorado y mapeado cientos de kilómetros de pasajes de cueva. El promedio de profundidad de las cuevas es de 12 metros (40 pies) con un máximo de 119.1 metros (391 pies).
Los exploradores también han encontrado pasajes buceables que conectan varios sistemas de cuevas con el mar Caribe.
Las primeras cuevas en ser exploradas fueron las de facil acceso
Ahora mucho de lo que permanece sin ser descubierto requiere de mayor penetración dentro de la espesa selva donde cenotes remotos presentan mayores dificultades logisticas.